Program Studi Magister Teknik Sipil Universitas Atma Jaya Yogyakarta dirancang untuk 3 semester yang dapat diselesaikan dalam waktu 1,5 tahun. Kuliah diselenggarakan Senin-Jumat antara pukul 18.30 – 21.00 WIB. Beberapa sesi khusus seperti kuliah pengganti dan/atau kuliah umum praktisi, akan diberikan pada hari Sabtu.